在桓温临终之际，他把自己的权力传给了弟弟桓冲，并告诫他要继续维持与士族集团的良好关系。这一时期，北方的胡人势力分裂成东西两大阵营，前秦的苻坚成功击败了前燕，统一了北方，并有着强烈的南下统一之势，形成了对东晋的重大威胁。
面对如此强敌，桓冲放下了与谢安之间的积怨，决心与谢安携手合作，共同抗敌。在这个时刻，东晋的政治核心逐渐转移到风度翩翩的谢安身上，成为了当时最为重要的宰相。魏晋的士人推崇老庄哲学，倡导超脱、清静、无为的生活方式，他们自认为达到了精神的高妙境界，然而往往缺乏政治上的责任感和担当。这种思想也使得老庄的哲学受到历史学家的批评，认为它缺乏实际的可操作性。然而，谢安的执政风格却有别于前人，他在老庄精神的影响下展现出了一种超凡脱俗的政治智慧和临危不乱的气度。
谢安在上任后，继承了前任宰相殷浩的职务，但他并未排斥桓氏，而是将桓冲安置为西路军的指挥，镇守荆州一带。同时，谢安通过提升自己的亲信和侄子，像谢玄、谢石等人，逐渐组建了以北府兵为主力的东路军，负责防守京口一带。尽管谢安对新皇帝晋孝武帝（当时已22岁，开始亲政）表现出极大的尊敬，但在北方的巨大军事压力面前，孝武帝也只能顺从谢安的领导。
桓冲虽然对谢安的军事才能存有怀疑，认为他缺乏军事战略的眼光，但面对即将到来的大敌，他也只得勉强接受这一安排。公元378年，秦王苻坚开始了南下讨伐东晋的准备。前秦军首先在西路击败了襄阳，继而攻占巴中。中路的前秦军则进攻淮南，尽管桓冲派出部队进行抵抗，但东路的前秦军却迅速突破了彭城，并向南推进，几乎将东晋的京口也纳入攻击范围。东晋朝野为之震动，随即派遣谢石、谢玄等人前往救援，在几次激烈的战斗中连胜敌军，稳住了局势。
展开剩余73%在这场对峙中，谢安始终保持冷静，采用抓大放小的治理方针，这一风格被当时的文人比作王导，但谢安在文雅程度上超过了王导。公元383年，苻坚集结百万大军，正式发动了对东晋的全面进攻。前秦军的主攻目标是寿春（今安徽寿县），而附近的淝水成为了历史上著名的淝水之战的战场。在战前，谢安并未忙于布置军事部署，而是沉浸于下棋与游玩，直到夜深才归来。桓冲急于派兵支援，谢安却果断拒绝，他的这一举动让桓冲大为失望，直言谢安虽有宰相的度量，却不懂军事，国家必将覆灭。
然而，次日的淝水之战，东晋军出人意料地大获全胜，捷报传至，谢安却依旧淡然处之，将战报随手丢在一旁，继续埋头下棋。这场胜利让桓冲深感羞愧，身体也因此大受打击，最终因病去世。而谢安，虽然因功获得了声望，却也开始受到晋孝武帝的猜忌。谢安自上任以来，始终致力于扶持皇权，推动朝廷围绕晋孝武帝展开集体学习，增强其个人威信。然而，皇帝渐渐习得了如何运用权力，却在危机解除后，开始逐步削弱谢安的权力。
在谢安的女婿王国宝和皇弟司马道子的共同挑拨下，谢安被逐步排挤出权力中心。尽管如此，谢安依然选择谦退，最终将所有权力上交，成功实现了功成身退。淝水之战的胜利原本为东晋带来了恢复北伐的契机，谢石、谢玄等人也趁机收复了大量失地，但随着谢安的去世和晋孝武帝的逐渐腐化，北伐的成果也随之消失殆尽。
此时，晋孝武帝逐渐确立了皇权的威信，但他却不懂如何有效地运用这份权力。沉迷于奢侈的生活，士族集团也逐渐腐朽，导致东晋的政治和社会环境陷入混乱。朝廷内部，帝党与相党展开了激烈的斗争，孝武帝将权力交给了弟弟司马道子，结果司马道子因权力欲望膨胀，逐渐专权。孝武帝不仅对此不满，还拉拢一部分势力来防范司马道子，导致了朝廷的严重分裂。
在这个内外交困的局面中，帝党领导者王恭和在野的荆州刺史殷仲堪，开始着手应对司马道子的专横。他们不仅提出要清除司马道子的势力，还尝试进行军事行动。然而，司马道子的权谋之计却使得这两方势力迅速瓦解，导致局面再次恶化。
与此同时，荆州的桓玄也逐渐卷入了这场权力斗争。桓玄与杨佺期和殷仲堪联合，企图向朝廷发起挑战，但在司马道子的巧妙计谋下，这一联盟分崩离析。最终，桓玄以反间计成功占领了荆州，并进一步向建康进军，最终逼迫司马道子及其一派退出政治舞台。与此同时，天师道的起义也在江东地区逐渐蔓延，成为东晋社会动荡的直接原因。
此时，士族集团的腐化与社会的极度贫富不均，已使得东晋的统治基础岌岌可危。随着天师道起义的反复爆发，东晋朝廷不得不采取更为激烈的镇压手段，但这些举措并未能够有效根除社会的深层问题。最终，桓玄虽然短暂掌权，结果却因继续沉迷于奢靡生活，未能挽回民心，导致社会秩序彻底崩溃。
当桓玄最终因治理无方丧失了人民支持，刘裕乘势而起，逐步推翻了桓玄的统治，建立了刘宋政权。
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